Доказано, что почвенные водоросли нельзя рассматривать как некий остаток водных группировок или случайно попавшие в почву гидрофильные водоросли. В почве сформировалась специфическая альгофлора, систематический состав которой более ограничен по сравнению с альгофлорой водоемов. Многие группы, включая отделы, водорослей не встречаются в почвах. Большое число видов зеленых и желто-зеленых водорослей обнаружены только в почвах (Bold, Wynne, 1978; Reisigl, 1964).
В почвах СССР к концу 1989 года встречено 1527 видов, включающих значительное число внутривидовых таксонов. Большая часть их относится к четырем отделам. На долю зеленых водорослей приходится 624 вида, синезеленых - 429, диатомовых - 255, желто-зеленых - 189. Кроме того, найдено 19 видов эвгленовых, 5 - пирофитовых, 5 золотистых и один вид красных водорослей. Несмотря на кажущееся разнообразие диатомовых водорослей, в каждой почвенной пробе их встречается немного. Обычно преобладают по числу видов зеленые, синезеленые и желто-зеленые водоросли.
Отделы водорослей различаются как по морфологическим признакам (организация клетки, структура тела), так и по биохимическим (состав пигментов и продуктов ассимиляции, состав и строение клеточной оболочки).
У водорослей встречаются три типа организации клетки (Жизнь растений, 1977): прокариотическая клетка - у синезеленых водорослей, мезокариотическая - у панцирных динофлагеллят, эукариотическая - у водорослей остальных отделов.
Тело водорослей представлено талломом, или слоевищем. Талломы характеризуются большим разнообразием. Выделяются различные типы морфологической структуры талломов, повторяющиеся в разных отделах водорослей. Встречаются следующие морфологические структуры водорослей: I. Монадная (жгутиковая) структура - одноклеточные или колониальные организмы, имеющие 1-2 - несколько жгутиков и способные активно передвигаться (рис. 6.1). 2. Коккоидная структура - характеризуется отдельными клетками, снабженными твердой оболочкой и в вегетативном состоянии постоянно лишенными жгутиков (рис. 7.1). 3. Пальмеллоидная структура представлена колониальными и одноклеточными водорослями, утратившими жгутики; образуются достаточно крупные слизистые тела неопределенной формы, содержащие внутри коккоидные или монадные клетки (рис. 6.2). 3. Нитчатая (трихальная) структура представлена талломами, состоящими из нескольких, нередко очень многих клеток, расположенных в форме нити (рис. 1.6). 5. Разнонитчатая структура возникла из нитчатой вследствие дифференцировки тела на две части: стелющуюся по субстрату горизонтальную часть и прямо стоящую вертикальную (рис. 2.5). 6. Сифональная структура - особый тип строения с отсутствием клеточных перегородок внутри слоевищ при наличии большого числа ядер.