В составе почвенной биоты всегда содержатся водоросли. Существование водорослей в почве столь же обычно, как и обитание их в водоемах. Однако методы изучения почвенных водорослей существенно отличаются от методов изучения большинства групп почвенного населения. Водоросли можно определить как низшие (преимущественно микроскопические) растения, способные к фотосинтезу. Фототрофное питание водорослей определяет единообразие их физиологических свойств и разнообразие морфологии, включая строение тела и способы размножения. Ныне живущие водоросли не являются монолитной группой организмов, объединенных единством строения и происхождения. Водоросли представляют собой совокупность нескольких обособленных отделов растений, самостоятельных по своему происхождению и эволюции. Таким образом, термин "водоросли" имеет исключительно биологический смысл, как объединение низших хлорофиллоносных растений, живущих преимущественно в воде, но встречающихся и во вневодных местообитаниях, в частности в почве и на ее поверхности.
Под термином "почвенные водоросли" обычно понимают совокупность нескольких экологических группировок водорослей, включающую наземные водоросли, которые лишь при благоприятных условиях разрастаются в массовых количествах на поверхности почвы, водно-наземные, разрастающиеся на поверхности постоянно влажной почвы, и собственно почвенные водоросли, населяющие толщу почвенного слоя. Согласно классификации ценозов водорослей (Голлербах, Штина, 1969) понятие почвенные водоросли совпадает с понятием эдафильные ценозы.
На поверхности почвы нередко можно наблюдать разрастания водорослей в виде кожистых или войлокообразных пленок, слизистых слоевищ, либо "цветение" почвы - позеленение поверхностного слоя почвы, обусловленное массовым разрастанием микроводорослей. Водоросли, населяющие толщу почвы видны лишь под микроскопом. Особенно хорошо заметны водоросли при просмотре пробы почвы или почвенной суспензии в люминесцентном микроскопе, где хлорофиллоносные клетки их выделяются красным свечением. Кроме того, их можно обнаружить с помощью культур, помещая почву в благоприятную для роста водорослей среду.