В состав порядка входят 3 семейства: Vacuolariaceae, Monomastigaceae, Thaumatomastigaceae. В основу разделения семейств положен признак наличия или отсутствия хлоропластов, их форма и число.
К семейству Vacuolariaceae относятся роды: Vacuolaria Cienk., Trentonia Stokes, Goniostomum Dies., Merotrichia Dies.
Семейство Monomastigaceae включает род Monomastix Scherf. Семейство Thaumatomastigaceae объединяет 3 рода: Thaumatomastix Laut., Hyalosene Skuja, Synoikomonas Skuja.