Несмотря на простоту прямых методов количественного учета, до сих пор применяются и культуральные методы, основанные на последовательном разбавлении почвенной суспензии и засеве ее в питательные среды. Культуральные методы имеют ряд недостатков, обусловленных неодинаковой скоростью роста разных видов, трудностью подбора сред, одинаково подходящих для всех групп водорослей, неравномерностью распределения водорослей в суспензии. В зависимости от способа и продолжительности культивирования могут получиться либо заниженные результаты (не все водоросли начали рост), либо завышенные (в случае длительного культивирования на чашках образуются колонии вторичного происхождения - из зооспор, подвижных клеток диатомей или гормогониев синезеленых). Повышение точности достигается очень большой повторностью культуральных сосудов. При культуральном методе учета исключается возможность вычисления биомассы, поскольку размеры клеток в культурах существенно отличаются от природных.