Изучение водорослей завершается их определением, т. е. нахождением названий, а, стало быть, и выяснением их положения в системе.
Для того, чтобы правильно определить водоросль, нужно внимательно исследовать ее. При этом в самом процессе определения нередко возникает необходимость выяснить те или иные подробности строения, первоначально ускользнувшие от внимания. Таким образом, определение стимулирует изучение объекта и оба эти процесса протекают в известной мере параллельно.
Не всегда в препарате удается сразу найти все стадии, необходимые для точного определения любого вида (например, зооспоры, зиготы и т. п.). Иной раз для этого приходится просмотреть значительное количество материала или даже подвергнуть водоросль (если материал живой) более длительному исследованию - например, в висячей капле или в культуре. И все же ряд форм может остаться неопределенным. Этим обстоятельством не следует, однако, смущаться, так как лучше оставить форму без видового названия, чем определить ее неверно. Во всяком случае большинство видов обычно хорошо определяется в вегетативном состоянии, и число форм, видовая принадлежность которых остается не установленной, обыкновенно невелико.
Для определения водорослей, так же как и других организмов, используются определительные таблицы (ключи), построенные по обычному дихотомическому принципу. Каждому признаку (или признакам), составляющему тезу, противопоставляется другой признак (или признаки), являющиеся его антитезой и в каждом отдельном случае между ними нужно делать выбор*. Противоположные признаки обозначены однотипными цифрами, буквами или знаками. Идя таким путем, мы, в конце концов, доходим до видового названия.
* (В некоторых случаях приходится делать выбор не между двумя, а между тремя и более признаками.)
Следует помнить, что определительные таблицы служат лишь подспорьем для определения. Ограничиваться нахождением видовых названий по этим таблицам ни в коем случае нельзя. После того, как название найдено, необходимо внимательно прочесть диагноз, посмотреть рисунок (если он имеется), сличить то и другое с объектом и только в случае совпадения во всех основных признаках можно считать, что водоросль определена. Если совпадение с диагнозом неполное, все отклонения от него должны быть тщательно отмечены. Если отклонения эти значительны и водоросль не может быть отождествлена ни с одним из приведенных в "Определителе" видов, - следует подробно описать ее, сделать рисунок и потом уже, обратившись к специальной альгологической литературе, выяснить - что это за вид и не является ли он новым для науки, доселе еще никем не описанным. При современном уровне наших знаний случаи нахождения новых видов водорослей не так уж редки, но при их установлении требуется большая осторожность. Необходимо изучить возможно больше материала на разных стадиях развития, сравнить его с другими, наиболее близкими видами, полностью уяснить себе, в чем их различия и насколько они существенны, и только после этого можно с известной долей уверенности говорить о нахождении нового вида.