Определенным закономерностям зонального характера подчинено распространение почвенных водорослей. В данном случае зональность проявляется в распространении сообществ. На больших континентах с равнинным рельефом, в частности на территории СССР, хорошо выражена зональность в распределении почв и растительности, которая находит отражение и в зональности водорослевых сообществ. По мере перехода от одной почвенно-растительной зоны к другой меняются состав и количество почвенных водорослей, характер их приспособления к жизни в почве. При этом в составе сообществ наблюдаются определенные закономерные изменения. Наряду с убиквистами, встречающимися повсюду, в разных почвах получают преобладание разные группы водорослей. Из всех зональных почв наибольшим разнообразием водорослей отличаются дерново-подзолистые; здесь обнаруживаются разнообразные синезеленые, зеленые, желтозеленые и диатомовые, причем зеленые и синезеленые представлены равным числом видов. К северу и к югу от мест залегания этих почв уменьшается общее число видов водорослей; к северу - главным образом за счет диатомовых и синезеленых, к югу - за счет зеленых, желтозеленых и диатомовых. Одновременно изменяется относительная роль отдельных систематических групп в формировании сообществ. Роль зеленых, которые господствуют в тундровых почвах и сильно развиты в почвах дерново-подзолистой зоны, неуклонно уменьшается с севера на юг; одновременно уменьшается и число видов синезеленых.
Есть некоторые сведения и о вертикальной зональности распределения почвенных водорослей в горных массивах. Так, на Западном Памире с изменением почв и растительности по мере увеличения высоты от 2400 до 3930 м н. у. м. уменьшается разнообразие водорослей. В. Апеннинах Центральной Италии наибольшее разнообразие водорослей с доминированием синезеленых обнаружено в почве высокогорного пастбища на высоте 2500 м н. у. м. Здесь же отмечена и наибольшая численность - 1 млн 399 тыс. зачатков водорослей в 1 г почвы. Из них 50% синезеленых, 48% диатомовых и 2% зеленых. На меньших высотах, особенно в зоне лесов на кислых почвах, повышается численность зеленых водорослей за счет снижения роли синезеленых. На больших высотах, при переходе к нивальному поясу, численность водорослей также уменьшается. В Восточных Альпах, при движении вверх от 3000 до 3800 м н. у. м., обнаружено резкое сокращение числа видов водорослей.
В описанных случаях зональная смена сообществ водорослей обусловлена совокупным влиянием нескольких взаимообусловленных факторов: климатических условий, свойств почвы и состава растительности. Таким образом, в горных местностях сообщества почвенных водорослей особенно разнообразны в связи с разнообразием почв, растительности и микроклиматических условий.
В целом, если сравнивать флористические списки водорослей, выявленных в почвах разных стран, то обнаруживается их значительное сходство. Однако сравнение водорослевых сообществ дает четкую картину приуроченности отдельных группировок водорослей к определенным почвенноклиматическим условиям, т. е. к определенным биогеоценозам. Можно полагать, что географическое распространение почвенных водорослей подчиняется законам распространения высших растений [62].
Следует подчеркнуть, что далеко не все почвы и растительные формации земного шара изучены в альгологическом отношении. Более подробное исследование почвенных водорослей несомненно углубит представления о закономерностях развития водорослей в различных целинных почвах.