Говоря о систематике ископаемых сифоновых водорослей, следует иметь в виду, что мы не можем воспользоваться теми же принципами, которые применяются к ныне живущим формам. Современные сифоновые водоросли классифицируются на основе особенностей строения клеток и внутриклеточных органелл, способов размножения, циклов развития и т. д. Факту обызвествления слоевища не придается особого значения. Палеоальголог имеет в своем распоряжении не растения, как таковые, а всего лишь их известковые остатки - таллиты. Речь, таким образом, должна идти о классификации таллитов.
На основе главных морфологических признаков ископаемые сифоновые водоросли достаточно однозначно подразделяются на три большие группы, которые приблизительно соответствуют современным порядкам Siphonales, Dasycladales и Siphonocladales. В первую входят формы с полисифонным строением медуллярной зоны, во вторую - одноосевые моносифонные формы и в третью - моносифонные формы с поперечными перегородками, разделяющими осевую трубку на сегменты. Такая градация, несмотря на "естественный" облик, в действительности формальна. Даже на уровне порядков сопоставление ископаемых и современных водорослей довольно условно.
Среди ныне существующих водорослей к порядку Siphonales относят не только полисифонные формы, но и одноосевые, например род Bryopsis с перистым расположением боковых ответвлений. С другой стороны, все современные дазикладовые отличаются не только одноосевым строением, но и мутовчатым расположением ответвлений. Мы относим к дазикладовым все моносифонные формы независимо от строения периферической зоны.
Единый принцип классификации сифоновых строго не соблюдается. Например, одноосевые формы типа Ovulites. Lamarck, Palaeoporella Stolley, Orthriosiphon Johnson et Konishi, Orthriosiphonoides Petryk относят к Udoteaceae /Basspullet et al., 1983/. В то же время полисифонные водоросли типа Gymnocodium Pia, а также трубчатые формы Donezella Maslov такого же строения, как березеллиды и палеоберезеллиды, традиционно включаются в состав красных водорослей" По-видимому, в этом отражаются попытки сохранить видимость естественности системы древних водорослей. Практически это не более, чем претензия, не имеющая под собой реальной почвы.
Мерилом настоящей естественности классификации ископаемых водорослей служит морфологическое сходство, похожесть и узнаваемость группируемых таксонов. Похожее должно быть рядом с похожим. Классификация, построенная на основе такого формального признака, и является наиболее рациональной.
Семейства внутри порядков выделяются в основном по внешним морфологическим признакам таллитов. При выделении родов и видов основное значение имеют детали внутреннего строения таллитов. В рассматриваемых ниже системах сифоновых водорослей перечисляются описанные в литературе родовые таксоны, независимо от мнения авторов об их самостоятельности. Это касается и явных синонимов. Известно, что степень детализации разных групп водорослей далеко не одинакова. В некоторых группах, например в палеоберезеллидах, роды понимаются слишком узко и часть из них определенно является не родами, а видами. В других, наоборот, систематическое значение морфологических признаков занижено. Это ведет к неоправданно широкому пониманию родов. В любом случае вопросы самостоятельности родовых и видовых единиц должны решаться на основе глубокого анализа всего материала.