Бурые водоросли почти исключительно морские растения, виды только трех родов растут в пресных водах. Однако некоторые морские виды могут обитать в сильно опресненных участках морей с соленостью меньше 5‰. Бурые водоросли можно встретить во всех морях земного шара. Их заросли известны даже в таких суровых местах, как прибрежные воды Антарктиды и северных островов Канадского арктического архипелага. Наиболее крупные, длиной в несколько метров, бурые водоросли (ламинариевые, некоторые фукусовые) распространены главным образом в морях умеренных и приполярных зон. Здесь для них благоприятны умеренная и низкая температура воды и повышенное по сравнению с водами тропических морей содержание биогенных веществ. Последнее обстоятельство обусловлено зимним перемешиванием воды: охлажденные поверхностные воды, как более тяжелые, опускаются вниз, а на их место поднимаются глубинные воды с повышенным содержанием биогенных веществ.
Бурые водоросли населяют по вертикали самые различные горизонты. Их заросли встречаются от литоральной зоны, где они во время отлива часами находятся вне воды, до глубины 40-100 м. Известны даже случаи произрастания бурых водорослей на глубине около 200 м. Так, у Гавайских островов на глубине 180 м обнаружены виды рода саргассум (Sargassum), в Адриатическом море ламинария Родригеса (Laminaria rodriguezii) была найдена на глубине 200 м. И все же наиболее густые заросли бурых водорослей располагаются в верхней сублиторали до глубины 6-15 м: здесь лучше условия освещения и благодаря прибою и поверхностным течениям существует постоянное движение воды, которое обеспечивает интенсивное поступление биогенных веществ к слоевищам и ограничивает поселение растительноядных животных. Обычно бурые водоросли растут на скалах и камнях различной величины (в зависимости от интенсивности движения воды и размеров слоевищ), и только в спокойных местах у берега и на большой глубине они могут удерживаться на створках раковин моллюсков и на гравии. Оторванные от грунта слоевища сносятся течением в спокойные места с илистым или песчаным дном, где при условии достаточной освещенности они продолжают существовать. Такие водоросли встречаются значительно глубже (иногда в 2 раза), чем прикрепленные. Виды с воздушными пузырями на слоевище при отрыве от грунта всплывают к поверхности, образуя иногда большие плавающие скопления, особенно в районах со стабильным круговым течением, как, например, в Саргассовом море.
Среди бурых водорослей есть виды с эфемерными, однолетними и многолетними слоевищами. При гетероморфной смене форм развития одна из них может быть многолетней, а другая - эфемерной (соответственно спорофит и гаметофит ламинариевых). На продолжительность существования слоевища большое влияние оказывают внешние условия. Наибольшего возраста слоевища достигают при низкой температуре воды. В районах с высоким летним прогревом воды слоевища водорослей, многолетних в холодных водах, функционируют как однолетние. При неблагоприятной освещенности срок созревания, а значит и существования эфемерных слоевищ может растягиваться на несколько месяцев вместо двух-трех недель (гаметофиты ламинариевых). Какие-либо особые стадии покоя для переживания неблагоприятных условий у бурых водорослей отсутствуют. В то же время известны случаи, когда, например, зиготы фукусовых оставались живыми после пребывания в темноте в течение 120 дней, а гаметофиты ламинариевых сохраняли жизнеспособность после семи недель выдерживания в темноте.
Многолетние слоевища бурых водорослей бывают нескольких типов. У одних все слоевище многолетнее, каждый год отмирают только побеги, на которых развивались органы размножения (Fucus). Примером другого типа служат ламинариевые - у них многолетние органы прикрепления и ствол. Пластинчатая часть, на которую нередко приходится большая доля длины и массы слоевища, однолетняя. У некоторых тропических видов саргассовых многолетним бывает только диск, служащий для прикрепления слоевища.
Во всех морях земного шара в произрастании бурых водорослей наблюдается сезонность. В морях умеренных и приполярных поясов наибольшего развития они достигают в летние месяцы, но бурный рост их слоевищ начинается уже в конце зимы - ранней весной, когда температура воды еще остается около 0°С. В тропических морях массовое развитие бурых водорослей приурочено к зимним месяцам, когда температура воды несколько понижается.