Изучением диатомовых водорослей занимаются уже почти 150 лет, за этот период была предпринята не одна попытка их систематизации. Все системы диатомей можно разделить на три группы в зависимости от того, какие признаки были положены в их основу: 1) строение клеток и тип колоний; 2) положение, число и форма хлоропластов; 3) форма и детальная структура панциря. Системы первых двух групп оказались неудачными, так как форма колоний и хлоропластов в значительной мере зависит от условий среды и может часто меняться. Даже в пределах одного рода виды имеют различную форму хлоропластов и различное строение колоний в зависимости от того, где они обитают - в планктоне или бентосе. И наоборот, генетически не связанные между собой роды при наличии внешнего сходства по этим признакам включались в одну и ту же систематическую группу. Системы третьей группы базируются на более постоянных признаках - на строении панциря и деталях его структуры, позволяющих устанавливать родственные связи между таксонами. Кроме того, подобные системы имеют еще одно преимущество перед остальными: в них можно охватить не только современные, но и ископаемые формы, а это важно при создании действительно филогенетической системы диатомей.
Первая система, в основу которой была положена морфология панциря, появилась в 40-х годах прошлого столетия. В дальнейшем по мере развития и усовершенствования светового микроскопа эта система упорядочивалась и дополнялась. Наиболее естественной и отвечающей уровню знаний того времени была система Ф. Шютта, опубликованная в 1896 г., в которой все диатомовые водоросли впервые были разделены на центрические с радиальной структурой и пеннатные с билатеральной (перистой) структурой. Окончательно современная система диатомей была сформирована в 30-х годах нынешнего столетия Ф. Хустедтом - крупнейшим диатомологом нашего времени.
Однако и в настоящее время система диатомовых водорослей продолжает претерпевать изменения благодаря новым данным по морфологии, экологии и географии современных и ископаемых форм. В области морфологии большую роль сыграло введение в практику альгологических исследований сначала трансмиссионного электронного микроскопа (начало 40-х годов), а позднее (60-е годы) сканирующего электронного микроскопа, дающего объемное изображение створки или панциря. Особенно ценным оказался трансмиссионный электронный микроскоп при изучении панцирей, имеющих очень малые размеры или очень нежную структуру, неразличимую в световом микроскопе, - такие панцири считали "бесструктурными". Новые данные о тонкой структуре диатомей, полученные за последние 35 лет с помощью электронного микроскопа и сопоставленные с характеристиками, полученными в световом микроскопе, позволяют составить объективное и детальное представление о структуре панциря того или иного вида, и эти данные сейчас с успехом применяются в таксономии диатомовых водорослей.
В настоящее время известно более 10 000 видов современных и ископаемых диатомей, относящихся примерно к 300 родам. В системе, принятой нами для данной книги, все диатомовые водоросли рассматриваются как совершенно самостоятельный обособленный отдел Bacillariophyta, подразделяющийся на два класса - класс центрических диатомей (Centrophyceae) и класс пеннатных диатомей (Pennatophyceae). В первом классе содержится 5 порядков, во втором - 4 порядка.