Слово "лишайник" пришло из Древней Греции. Термин впервые был введен Теофрастом, бывшем современником Платона и Аристотеля и жившем в 371-284 г.г. до нашей эры. Книги Теофраста были иллюстрированными и поэтому сегодня мы знаем, какие именно растения он называл лишайниками. Те же растения упоминаются в Materia Meduca Диоскорида в 68 г. н.э., позднее иллюстрированные в 512 году. Судя по описаниям, упоминаются Эверния сливовая (Evernia prunastri), Псевдоэверния шелушащаяся (Pseudevernia furfuracea) и вид из рода Рочелла (Roccella). Это были первые изображения лишайников на бумаге. Плиний Старший упоминает лишайники как источник получения дешевой краски для ткани.
Эпоха Возрождения характеризуется большим интересом к растениям и поэтому одними из первых книг, напечатанных вслед за Библией, были травники, содержащие сведения об использовании растений.
Самая ранняя напечатанная иллюстрация лишайников относится к 1480 году и изображает виды родов Уснея (Usnea) и Лобария (Lobaria). Изображения Лобарии легочной (Lobaria pulmonaria) и Алектории (Alectoria sp.) мы видим в травнике Л'Обеля 1576 г., бельгийца, перебравшегося в Англию и назначенного на должность ботаника короля Джеймса I. Именем Л'Обеля назван один из популярнейших садовых цветов — лобелия.
Марчелло Мальпиги, известнейший итальянский биолог, в 1686 году в своей Opera Omnia первым описал соредии у лишайников. Шотландец Роберт Морисон в своей книге Plantarum Historiae Universalis Oxoniensis первым отнес лишайники к грибам и назвал их мохо-грибами. Его великолепные иллюстрации 1699 г. содержат изображения Лобарии легочной (Lobaria pulmonaria), Уснеи (Usnea articulata), (Usnea subfloridana), различные виды родов Кладонии (Cladonia), Пельтигеры (Peltigera), Пармелии (Parmelia). Француз Жозеф де Тур нефорт в 1694 г. предложил группу мохо-грибов Роберта Морисона называть лишайниками. Он предложил называть лишайниками "группу растений, лишенных цветов, но имеющих маленькие плодовые чашечки с мельчайшими пылинками или семенами, которые видны только под микроскопом". Его описание сорока четырех видов лишайников говорит о том, что он был первым, увидевшим аскоспоры.
Карл Линней, знаменитый шведский биолог и создатель биномиальной системы, включил все известные к тому времени лишайники в один род, разделенный на семь секций в зависимости от жизненной формы. Позднее Ахариус, также живший в Швеции, в своей Lichenographia Universalis в 1810 году разделил линнеевский род лишайников на 41 род, сгруппированных в классы в соответствии с характером и типом плодоношения. Он различал два типа размножения: соредии и аскоспоры. Каждому виду лишайника присваивалось биномиальное название и краткое описание, включающее структуру, местообитание, местонахождение и синонимику.
Лихенологи тех времен были настоящими энтузиастами своего дела.
Рассказывают, что Уоллберг сообщил Дюфору о том, что он послал Ахариусу большую коллекцию лишайников из Испании. Последний был этим так взволнован, что заболел и через несколько дней, 14 августа 1819 года, умер. Однако Дюфор считает, что это было только совпадением.
Впервые важность характеристик аскоспор была подчеркнута в 1846 году итальянским ботаником Джузеппе Нотарисом, обнаружившим, что в некоторых родах лишайников аскоспоры были одного типа, например, коричневыми с одной поперечной перегородкой, а в других разных типов. Это заставило его заняться изучением строения спор и использования различий в строении и размерах спор для дифференциации одного вида лишайника от другого.
Однако осознание двойственной структуры лишайников пришло позднее, когда на основании опытов А. С. Фаминцина и О. И. Баранецкого гипотезу о дуализме лишайников в 1867 году высказал Швенденер. До него обнаруженные в лишайниках клетки водорослей не воспринимались как отдельный организм. Уоллрот в 1825 году считал их репродуктивными структурами лишайников и назвал гонидиями, термином, применяемым до настоящего времени. Многие лихенологи прошлого века воспринимали теорию Шведенера как ересь и как покушение на лихенологию и на них самих. Например, Вильям Ньюландер, возможно самый знаменитый лихенолог своего времени, полностью отвергал дуалистическую теорию и воспринимал любого, кто на ней настаивал, как своего персонального врага. В настоящее время двойственная природа лишайников ни у кого не вызывает со мнений.
Классификация лишайников претерпевала существенные изменения: сначала их называли мхами, затем мохо-грибами (musco-fungi), затем лишайниками, и наконец, лихенизированными грибами.
Систематика лишайников до настоящего времени претерпевает изменения. Еще недавно наиболее распространенной была система классификации Цальбрукнера, однако в последнее время ее сменила система Пельта, которая в свою очередь трансформируется и изменяется. Это касается не только лишайников в целом, но и отдельных видов, родов, семейств.
Классификация лишайников меняется со скоростью моды на одежду и часто, как и мода, возвращается. Например, род Кладония (Cladonia) не так давно был разделен на собственно род Cladonia и выделенный из него род Кладина (Cladina). Впоследствии эти два рода снова объединили в один род Cladonia. Из рода Леканора (Lecanora) был выделен род Плаколеканора (Placolecanora), впоследствии снова включенный в род Lecanora. Из семейства Usneaceae род Ramalina был выделен в отдельное семейство Ramalinaceae, а рода Usnea, Evernia, Letharia и некоторые другие включены в семейство Parmeliaceae. Из рода Parmelia были выделены в качестве отдельных родов Arctoparmelia, Flavoparmelia, Flavopunctelia, Hypotrachyna, Melanelia, Myelochroa, Neofuscelia, Parmelina, Parmelinella, Parmotrema, Punctelia, Rimelia, Xanthoparmelia, а из рода Cetraria — Allocetraria, Cetrariella, Cetrariopsis, Cetrelia, Nephromopsis, Tuckermannopsis.
В настоящее время лишайники включены в классификационную систему грибов (Ascomycota). Большинство видов лишайников относятся к классу Lecanoromycetes. Таким образом полное систематическое положение, например, широко распространенного лишайника Леканоры разнообразной (Lecanora allophana) следующее:
Phylum Ascomycota
Subphylum Pezizomycotina
Class Lecanoromycetes
Order Lecanorales Nannf.
Suborder Lecanorineae
Family Lecanoraceae Korb.
Genus Lecanora Ach.
Species Lecanora allophana Nyl.