Соединяет среднее течение р. Соны (бассейн Роны) с р. Йонной (бассейн Сены) и является одним из многочисленных судоходных каналов Франции. Фитопланктон Бургундского канала привлек внимание в связи с водоснабжением Парижа, которое частично осуществляется из р. Сены (Mangerel, Mazoit, Dupuy 1961). В 1957-1958 гг. исследован 100-километровый участок канала, прилегающий к р. Йонне. Длина канала 242 км, глубина 1,8 м. Течение воды медленное. Канал имеет свыше 110 шлюзов и на своем пути неоднократно пересекается с питающими его реками, чаще всего с р. Армансон, притоком Йонны. Кроме того, он также получает воду из скважин.
В фитопланктоне доминируют диатомовые и зеленые водоросли. Из диатомовых обильно развивается Stephanodiscus hantzschii (до 11 тыс. кл/мл), обычны виды рода Melosira: M. granulata, M. italica, M. varians; виды рода Synedra: S. ulna (Nitzsch) Ejh r., S. actinastroides Lemm.; Asterionella formosa, виды рода Cyclotella: C. comta (Ehr.) Kuet z., C. bodanica Eulenst., C.glomerata Bachmann. Зеленые представлены в основном протококковыми, реже встречаются вольвоксовые. Наибольшей численности достигал Pediastrum simplex Meyen (до 3,5 тис. ценобиев/мл). Весной обращали на себя внимание виды рода Dinobryon. Синезеленые представлены слабо. По длине канала отмечалось колебание численности фитопланктона, которое авторы объясняют изменением химического состава воды: поглощением биогенных веществ на некоторых участках и периодическим их притоком при пересечении с реками.