Сбор материала имеет свою специфику в зависимости от местонахождения живых диатомей или их панцирей в природе: в планктоне и бентосе различных современных водоемов и во вневодных биотопах, в осадочных породах на суше, в донных осадках современных морских и континентальных водоемов.