По территории МНР, приблизительно по магистральному хребту горной страны Хангай и далее к востоку по р. Керулен, проходит линия мирового водораздела Северного Ледовитого и Тихого океанов и территории внутреннего стока Центральной Азии, рассекая эту страну как бы на две части (Грубов, 1976). Реки, берущие начало в горах северного Хангая и Хэнтея (Селенга, Орхон, Тола, Онон, Керулен), впадают в Северный Ледовитый и Тихий океаны; реки, берущие начало на южных склонах Хангая и Монгольского Алтая (Байдарик, Туин-Гол, Огин-Гол и др.), относятся к центральноазиатскому бассейну и обычно лишены внешнего стока; они, как правило, теряются в песках. Северную часть страны занимают окраинные поднятия Южной Сибири: она является продолжением Саяно-Южнобайкальской горной системы. В этих районах Монголии встречается горная кедровая и кедрово-лиственничная тайга, переходящая к югу в осветленные лиственничники. Южная часть Монголии - степи, полупустыни и пустыни Центральной Азии. Согласно ботанико-географическому районированию (Тахтаджян, 1978), эти два района относятся к различным флористическим областям Голарктики: северная часть МНР - к Циркумбореальной области Бореального подцарства Голарктического царства, южная - к Центральноазиатской подобласти Ирано-Туранской области Древнесредиземноморского подцарства Голарктики. Северо-восточные окраины МНР входят в состав Восточноазиатской области Бореального подцарства.
В соответствии с исторически сложившимися флористическими связями, выражающимися в различиях видового состава флоры отдельных частей страны, а также с учетом территориальных физико-географических особенностей В. И. Грубовым и А. А. Юнатовым было предложено флористическое районирование МНР (Грубов, Юнатов, 1952). Вся территория МНР была разделена на 16 флористических районов (рис. 2).
1. Прихубсугульский горно-таежный район (Прихубсуг). Охватывает хребты Восточного Саяна, прилегающего к оз. Хубсугул, и южную часть Хамар-Дабана. Характеризуется господством лиственничной и кедрово-лиственничной горной тайги. Выше леса, по гольцовым вершинам, располагаются обширные площади горных болот, лугов и зарослей кустарников. Днища долин, как правило, заболочены и покрыты ерниками - зарослями карликовой березы и ивы. По южным склонам простираются степи.
2. Хэнтэйский горно-таежный район (Хэнтэй). Занимает центральную часть Хэнтэйской горной страны. Флористически тесно связан с Баикало-Даурской областью. Характеризуется преобладанием горно-таежных кедровых и кедрово-лиственничных лесов. По периферии района, особенно в западной и северо-западной частях, обильны смешанные сосново-березовые и лиственнично-березовые леса. Выше пояса леса (1800 - 2200 м над ур. м.) располагаются гольцы, фрагментарно покрытые лишайниковой тундрой, осоковыми лугами и зарослями кустарников. Изредка появляется кедровый стланик, днища падей заняты ерниками - зарослями Betula fruticosa Pall, и В. fusca Pall. По долинам рек встречаются ельники и пихтарники, отмечены сфагновые болота.
3. Хангайский горно-лесостепной район (Хангай). Охватывает Хангайскую горную страну в центральной части Северной Монголии. Характеризуется смешанной горной и высокогорной алтайско-саянской и типично степной монгольской флорой, а также значительным участием байкало-даурских элементов. По общему характеру растительности Хангай должен быть отнесен к переходной области - между таежной зоной Сибири и типичными степными пространствами Монголии. Наиболее распространены здесь горные мелкозлаковые и разнотравно-злаковые степи, в ряде мест чередующиеся с осветленными лиственничными лесами. Плоские вершины магистрального хребта заняты кобрезиевыми и кобрезиево-осоковыми высокогорными пустошами. Днища широких долин покрыты сухими ковыльными и полынно-ковыльными степями.
4. Монгольско-Даурский горно-лесостепной район (Монг.-Даур.). Включает периферические, сниженные части Хэнтэйской горной страны. Характеризуется преобладанием даурской флоры. Широкое развитие получили горные степи разнотравно-злаковые и злаковые. По северным склонам встречаются участки лиственничного леса с травянистым покровом, реже - сосново-березовые и березовые леса, а также заросли кустарников. По долинам и межсопочным равнинам развиты варианты сухих степей - вострецовые, вострецово-ковыльные и змеевково-ковыльные.
5. Прихинганский горно-степной район (Прихинг.). Расположен на крайнем востоке МНР, включает предгорья Большого Хингана. Для флоры района характерно наличие значительного числа маньчжурских элементов. Господствуют пижмовые и злаково-разнотравные степи, переходящие на более высоких уровнях в богатые разнотравьем луговые степи. Древесная растительность имеет подчиненное значение, по лощинам и склонам встречаются березовые рощи.
6. Хобдоский горно-степной район (Хобд.). Району принадлежат горные кряжи Монгольского Алтая между его магистральным хребтом и хр. Сайлюгем. Во флоре района преобладают ксерофилизованные алтайские элементы и значительно участие пустынно- степной гобийской флоры. Преобладающий тип растительности - разнообразные варианты горных и сухих степей. Межгорные котловины заняты пустынными степями с участием гобийских перистых ковыльков и солянок. В верхнем поясе горные степи переходят в сухие кобрезиевые или осоково-кобрезиевые пустоши и луга. Леса отсутствуют, за исключением только восточных склонов Хархира - хр. Тургунь, где встречаются довольно большие площади лиственничных лесов.
7. Монгольско-Алтайский горно-степной район (Монг.-Алт.). Охватывает весь магистральный хребет Монгольского Алтая. Представлен преимущественно ксерофилизованной алтайской флорой. Характеризуется широким распространением горных степей, переходящих с возрастанием абсолютных высот в кобрезиевые и кобрезиево-осоковые луга, нередко значительно остепненные. В нижнем ярусе местами развиты пустынные и сухие степи гобийского и джунгаро-туранского вариантов. Лесная растительность развита незначительно. В истоках р. Кобдо встречаются участки кедрово-лиственничных высокогорных лесов. В центральной части Монгольского Алтая и по р. Булугун отмечены травяные лиственничники.
8. Среднехалхаский степной район (Ср. Халха). Занимает равнинные пространства к востоку от Хангая и к югу от г. Улан-Батора. Отличается господством типичной монгольской степной флоры. На территории района господствуют ковыльные, змеевково-ковыльные и полынно-ковыльные степи и их петрофильные варианты. Широко распространены также ковыльно-карагановые степи.
9. Восточномонгольский степной район (Вост.-Монг.). Включает обширные равнины Восточной Монголии. Ведущая роль принадлежит даурско-монгольской степной флоре. Преобладают злаковые, ковыльные и вострецово-ковыльные и ковыльно-вострецовые степи. В северной и восточной частях района появляются богато-разнотравно-злаковые и разнотравные (пижмовые) степи.
10. Пустынно-степная Котловина Больших Озер (Котл. Оз.) Занимает обширную депрессию между Монгольским Алтаем и западным Хангаем. Характеризуется разнообразной смешанной джунгаро-гобийской флорой. Основная часть депрессии занята пустынными ковыльковыми и солянково-ковыльковыми степями. По периферической части, примыкая к соседним горным склонам, встречаются бедные змеевково-ковыльные или лапчатково-ковыльные степи. Вдоль нижнего течения рек Дзапхана, Хунгуя, Тэсийн-Гола располагаются большие массивы бугристых песков.
11. Орокнурский пустынно-степной район (Дол. Оз.). Расположен в межгорной равнине, отделяющей Хангай от систем Монгольского и Гобийского Алтая. Для района характерна смешанная гобийско-хангайская флора. Особенностью растительного покрова является господство пустынно-степных формаций - змеевково-ковыльковых, луково-ковыльковых, пижмово-ковыльковых и солянково-ковыльковых. Большие площади заняты пустынно-степными кустарниковыми карагановыми, терескеновыми группировками на галечно-дресвянистых древнеозерных отложениях.
12. Восточногобийский пустынно-степной район (Вост. Гоби). Занимает обширные равнинные площади Юго-Восточной Монголии. Представлен типично гобийской пустынно-степной и отчасти пустынной флорой. Преобладают пустынно-степные ландшафты. Господствуют низкорослые и редкотравные ковыльковые и змеевково-ковыльковые степи. На почве с повышенной солонцеватостью их сменяют луково-ковыльковые, а на супесях - пижмово-ковыльковые пустынные степи. По сниженным равнинам и склонам депрессий распространены остепненные солянковые баглуровые и борбудургановые пустыни. Большой удельный вес имеют петрофильные варианты зональных степей.
13. Гобийско-Алтайский горно-пустынно-степной район (Гоби-Алт.). Включает сложную систему горных цепей Гобийского Алтая и межгорных долин. Характеризуется гобийской пустынно-степной флорой и значительными остатками алтайско-саянской горностепной и высокогорной флоры. В наиболее высоких хребтах Гобийского Алтая - Ихэ-Богдо и Бага-Богдо встречаются формации горных степей и кобрезиевых высокогорных пустошей, а также фрагменты альпийских лугов. В средних по высоте хребтах Гобийского Алтая преобладают варианты ковыльных степей, сменяемых в нижних частях гор типичными пустынными степями. Межгорные долины заняты луково-ковыльковыми, солянково-ковыльковыми или кустарниковыми пустынными степями, иногда - солянковыми степями.
14. Джунгарская Гоби (Джунг. Гоби). Район расположен на территории к югу от Монгольского Алтая, к западу от хр. Адж-Богдо. Выделяется своеобразной флорой и растительностью, где большая роль принадлежит джунгаро-туранским флористическим элементам. В растительном покрове господствуют формации солянковых (саксауловых и нанофитоновых), солянково-полынных (терескеново-полынных) и полынных пустынь. Ближе к предгорьям Монгольского Алтая хорошо развиты ковыльковые и солянково-ковыльковые пустынные степи.
15. Заалтайская Гоби (Заалт. Гоби). Занимает обширную территорию, лежащую к югу от Монгольского и Гобийского Алтая. Для флоры района характерно господство типично пустынных гобийских растений. Этот район наиболее отражает ландшафты и растительность центральноазиатской щебнисто-каменистой пустыни. Часто встречаются саксауловая пустыня, которая чередуется с участками эфедровых, парнолистниковых, селитрянковых, ильиниевых и солянковых пустынь. В бесплодных депрессиях большие площади совершенно лишены растительности.
16. Алашаньская Гоби (Алаш. Гоби). Район простирается узкой полосой вдоль южной границы МНР от хр. Тост-Ула (Гобийский Алтай) на западе до Солонг-Хэр на востоке. В составе растительности видная роль принадлежит пустынным гобийским растениям с участием видов восточноазиатской и гималайской флоры. Здесь господствует солянковая пустыня, зачастую остепненная, где эдификаторами являются полукустарничковые солянки Salsola passerina Bunge или Anabasis brevifolia C. A. Mey. - в сочетании с кустарничками - Reaumuria soongorica Maxim., Potaninia mongolica Maxim. По северной окраине района широко распространены солянково-ковыльковые пустынные степи. Небольшие массивы песков заняты зарослями саксаула.
Настоящее флористическое районирование МНР использовано в "Конспекте флоры лишайников Монгольской Народной Республики" (1981) при указании распространения видов на территории МНР.