К ним относится только Псковско-Чудское озеро, причем Псковское озеро отчасти напоминает более мелкие эвтрофные озера, Чудское же озеро — резко отличается от всех других озер Эстонии. Флора диатомовых богата видами. В планктоне весной и осенью доминирует Melosira islandica subsp. helvetica. Субдоминантами являются Asterionella formosa, Tabellaria fenestrata и Stephanodiscus astraea. В Псковском озере доминирует Melosira binderana, в качестве субдоминантов встречаются Asterionella formosa, Tabellaria fenestrata. Melosira granulata и Fragilaria crotonensis. Эпифитон на западном берегу озера относительно беден видами. Доминируют Tabellaria flocculosa и Achnanthes minutissima, субдоминантами являются Fragilaria vaucheriae, Epithemia sorex, Cymbella microcephala и др. На камнях у берега, в низкой воде и на плавающих массах Cladophora обильно встречается Cocconeis pediculus. В фитобентосе в средней части озера доминируют панцири планктонных видов диатомовых. В неглубокой воде (1,5—4 м), на иловатом дне довольно обильно встречаются Amphora ovalis var. pediculus, Fragilaria construens, Achnanthes lanceolata var. elliptica, A. jentzschii, Gyrosigma attenuatum и др. Характерными для Псковско-Чудского озера являются солоноватоводные диатомовые (мезогалобы): Coscinodiscus lacustris, Navicula halophila, N. salinarum, N. digitoradiata и др. Мезогалобные виды образуют 3,8% и галофильные — 4,5% найденных таксонов. Возможно, что мезогалобные виды являются реликтами того времени, когда Чудское озеро было заливом моря.