В ископаемом состоянии сохранились лишь немногие багрянки и преимущественно среди обызвествленных форм. Корковидные кораллиновые известны начиная с мела, причем многие из них с трудом можно отличить от современных. Членистые кораллиновые представлены в кайнозое вымершими видами существующих в настоящее время родов.
Найдено значительное число ископаемых форм, относимых к отдельному семейству соленопоровых, которые отмечаются от ордови-ка до триаса. Однако ни строение этих водорослей, ни их систематическое положение окончательно не выяснены.
На основании этих немногочисленных палеонтологических свидетельств невозможно ответить на вопрос о происхождении багрянок. Очевидно лишь то, что это очень древняя группа. Многие ученые полагают, что она возникла еще во время археозойской эры. Сравнение с другими водорослями также не проясняет вопроса об их происхождении и родственных связях, так как эта своеобразная группа занимает весьма обособленное место среди водорослей. Некоторое сходство можно обнаружить только с сине-зелеными водорослями. Характерные для красных водорослей пигменты фикоэритрин и фикоцианин найдены, кроме них, только у сине-зеленых. Багрянковый крахмал близок к крахмалу сине-зеленых. В обеих группах отсутствуют подвижные стадии. Сейчас принято считать, что это сходство не случайно, и многие специалисты выводят самые примитивные багрянки, у которых еще нет полового процесса (класс бангиевых), из сине-зеленых. Класс флоридеевых выводят из более высокоорганизованных бангиевых, уже обладающих половым процессом. Однако эту гипотезу нельзя считать достаточно обоснованной.
Дело в том, что пигменты в той и другой группах отличаются по строению. Кроме того, у багрянок имеется специфический хлорофилл d, отсутствующий у сине-зеленых. Поэтому нельзя исключать и другую гипотезу, согласно которой оба отдела имеют самостоятельное происхождение и не связаны непосредственным родством. Возможно, что сходство пигментов объясняется лишь тем, что обе группы водорослей возникли в одну и ту же геологическую эпоху в сходных условиях освещения, которое отличалось от современного по качеству и было, по-видимому, гораздо более слабым: ведь билипротеины способствуют восприятию малых количеств света.